■ジェノムたちをあずける。

■インビシブルで出発。

寄り道エリア

インビシブル：DISC４から利用可能になる飛空艇インビンシブルの中心部にある宝箱から星宮パイシーズが手に入る。

黒魔道士の村：DISC４では、黒魔道士の村にあるショップと合成屋の品ぞろえが、以前に比べて大幅に変化している。とくに合成屋では、最高クラスの防具を作り出すことができる。

アレクサンドリア（崩壊後）：DISC４では、尖塔のクポの脇にスティルツキンがいる。ここでは、ムーンストーン、ルビー、エリクサーの３点セットを５５５５ギルで購入できる。

リンドブルム（復興後）：DISC４に入ってから、リンドブルム・劇場街（復興後）の劇場通りを訪れると、シナとマーカスを捜しに行くゼネロとベネロの姿が見られる。彼らを目撃したあと、シナリオを進めて同じ場所に戻ると、今度はゲネロが現れ、ゼネロとベネロを捜しに行く。これを繰り返すと、ゼネロの兄弟たちがつぎつぎとと登場しては、ほかの兄弟を捜しに行ってしまう。これを最後まで見届けると、アジトに新たな宝箱が出現する。

トレノ：ミニゲーム「腕試しバトル」では、それまでとは異なるモンスターに挑戦できる。「オークション」に出品される品物が増えており、ある条件を満たすと、ダゲレオがほしがっている魔法の指先も競り落とせる。カードスタジアムでは、まったく新しい１０人の相手に対戦を挑める。

マダイン・サリ：召喚壁でリヴァイアサンとアレクサンダーの壁画を調べると、壁画のそばに刻まれた文章を読むことが可能。

ダゲレオ：武器屋のあつかう品物の種類が一新されている。このショップでしか手に入らない装備品もあるため、最終決戦に向かう前に、一度は立ち寄っておこう。また、店番が切り盛りする２階のショップでは、新たにワクチンが購入可能となっている。

チョコボの桃源郷：DISC４に入ると、ミニゲーム「チョコボのお宝さがし」で発見可能なお宝のすべてが入手できるようになる。すべてのお宝を見つけ、かつモグネット本部を発見したら、チョコボの桃源郷を訪れよう。すると、チョコに関するイベントが発生し、そのときにデブチョコボから、デブチョコボのカードがもらえる。さらに、会話を終えた後は、ミニゲーム「チョコボのほっと一息」が行えるようになる。

モグネット本部：チョコを山チョコボ以上に進化させており、なおかつデッドペッパーを持っていれば、モグネット本部へいくことができる。すべすべオイルを入手したら、モグネット本部にいるアルテミシオンに渡そう。するとモグネットが活気を取り戻し、お礼としてまもりの指輪がもらえる。

■インビンシブルに乗って、イーファの樹の上空に浮かぶ球状の空間に飛び込むと、神竜とのバトルがはじまる。こちらが「たたかう」で攻撃すると、高い確率で「カウンター」による反撃を行ってくる。そのため、「たたかう」以外の手段で攻撃しよう。

■神竜とのバトル後は自動的に記憶の場所へ移動し、パーティー編成を行ったあとで先へ進むことになる。

■記憶の場所では、「カオス」と呼ばれる４体のモンスターと順番に戦っていく。カオスたちは、それぞれ、得意とする攻撃の属性が異なっている。そのため、相手によって装備を変更し、敵が得意とする属性を吸収等できるようにしておこう。まずは、外部通路を進む途中で、火のカオスであるマリリスとのバトルに突入する。マリリスは「マスターボム」を使ってくるため、味方全員に「熱せず冷ませず」を装備させよう。

■時の狭間の階段をのぼる途中では、風のカオスであるティアマットとのバトルがはじまる。「沈黙回避の術」を装備させよう。ティアマットは、レビテト状態のキャラクターから「たたかう」で攻撃を受けると、「はないき」を使って、その相手をバトルから排除してしまう（最大ふたりまで）。バトルから排除されないようにしよう。

■原初の海の階段をのぼる途中では、水のカオスであるクラーケンとのバトルになる。水属性を吸収等するアイテムを装備しよう。このバトルでは、クラーケン本体のほか、クラーケン右触手とクラーケン左触手も相手にすることになる。本体を倒しさえすればこれらも同時に倒すことができる。触手が戦闘不能状態になるとクラーケンの攻撃は激化してしまうので、最初から本体を狙っていこう。

■虚空の門の奥に進もうとすると、部屋の様子が一変すると同時に、土のカオスであるリッチとのバトルに突入する。リッチは「レベル５デス」を使ってくるため、味方全員のＬＶが５の倍数にならないように調整してからバトルに挑もう。そのほか、土属性を吸収等するアイテムと「毒味の術」「止まらずの術」を装備しよう。

■宇宙空間へ踏み出す。

その他のイベント＆ミニゲーム

ファントムたちとカードゲーム：記憶の場所で出現するフィールアイコンのなかには、○ボタンを押すとジタンがあたりを見まわすだけのものがある。ここで□ボタンを押すと、カードの達人の亡霊たちとカードゲームが行える。

強力な武器を入手：記憶の場所では、全部で６つの武器が拾える。これらの武器はすべて、記憶の場所でしか入手できず、しかも非常に強力なものばかり。宝箱には入っていないので、フィールアイコンを頼りに、画面をスミズミまでチェックしていこう。

ハーデスとバトル：生まれる者の岩陰には、ハーデスが隠れている。彼に話しかけ、「立ち去らない」を選択すれば、バトルになる。このバトルに勝利すると、ハーデスが合成屋を開いてくれる。物語中で数個しか手に入らないようなアイテムを素材として、非常に強力な装備品を作り出してくれる。

■クリスタルワールドには、記憶の場所で戦った４体のカオスたちと同名のモンスターが出現する。彼らは、本家カオスとほぼ同じ攻撃を使ってくる強敵だが、苦労して倒してもＥＸＰを得られない。ただし、取得できるＡＰは７と多いため、サルガタナスを装備したジタンの「刀魂放気」などで敵を石化状態にしつつ、バトルを切り抜けていこう。

■クリスタルワールドの奥へ進むと、デスゲイズとのバトルがはじまる。デスゲイズは、バトル開始時に「メテオ」を使用。そのあとは、翼を開いた状態だと「ぶんまわす」「デモンズクロー」といった物理攻撃を、翼を閉じた状態だと「デス」「ツイスター」「レベル５デス」といった魔法を仕掛けてくる。また、風属性を吸収等するアイテムを装備しておこう。

■トランス・クジャの攻撃手段は「ホーリー」「フレア」「フレアスター」の３つ。しかし、基本的にリフレク状態のキャラクターに対しては「ホーリー」「フレア」を使ってこない。かといって、味方全員がリフレク状態になっていると、全体攻撃の「フレアスター」を連発されることになる。そこでＨＰの高いメンバーにはふゆう石のかけらを、ほかのメンバーには「いつでもリフレク」を装備させよう。これで「フレアスター」を防げるうえ、「ホーリー」「フレア」を特定のメンバーに集中させることができる。
　 また、トランス・クジャは、はじめて残りＨＰが最大ＨＰの半分以下になったときに、カウンターとして「フレアスター」か「ケアルガ」を使用。

■最終決戦に挑むメンバーを決めると、その４人のＨＰとＭＰは全回復し、ステータス異常もすべて解除される。つづいてメニュー画面で装備を整えれば、いよいよ最終ボスである永遠の闇とのバトルに突入。
　 永遠の闇の攻撃のなかでも脅威なのは「グランドクロス」。これを受けると、全員が複数のステータス異常におちいる可能性が高い。ステータス異常を防ぐサポートアビリティをできるかぎり装備しておきたい。なお、永遠の闇が使ってくる魔法は「魔法返し」で返すことができない。